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| H (Match allé) | Flamurtari Vlorë | - | Partizan | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Partizan | - | Flamurtari Vlorë | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Flamurtari Vlorë | ||||
| H (Match allé) | Linzer ASK | - | FC Utrecht | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FC Utrecht | - | Linzer ASK | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: FC Utrecht | ||||
| H (Match allé) | Austria Wien | - | Bayer Leverkusen | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Bayer Leverkusen | - | Austria Wien | 5:1 (1:1) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Bayer Leverkusen | ||||
| H (Match allé) | KSK Beveren | - | TJ Bohemians ČKD Praha | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | TJ Bohemians ČKD Praha | - | KSK Beveren | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: KSK Beveren | ||||
| H (Match allé) | Lokomotiv Sofia | - | Dinamo Tbilisi | 3:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Dinamo Tbilisi | - | Lokomotiv Sofia | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Dinamo Tbilisi | ||||
| H (Match allé) | EPA Larnaca | - | Victoria Bucuresti | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Victoria Bucuresti | - | EPA Larnaca | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Victoria Bucuresti | ||||
| H (Match allé) | Brøndby IF | - | IFK Göteborg | 2:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | IFK Göteborg | - | Brøndby IF | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Brøndby IF | ||||
| H (Match allé) | Celtic FC | - | Borussia Dortmund | 2:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Borussia Dortmund | - | Celtic FC | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Borussia Dortmund | ||||
| H (Match allé) | Bohemian FC | - | Aberdeen FC | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Aberdeen FC | - | Bohemian FC | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Aberdeen FC | ||||
| H (Match allé) | FC Barcelona | - | Os Belenenses | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Os Belenenses | - | FC Barcelona | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: FC Barcelona | ||||
| H (Match allé) | Sporting Gijón | - | AC Milan | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | AC Milan | - | Sporting Gijón | 3:0 (3:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: AC Milan | ||||
| H (Match allé) | TPS Turku | - | Admira/Wacker | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Admira/Wacker | - | TPS Turku | 0:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: TPS Turku | ||||
| H (Match allé) | Toulouse FC | - | Panionios GSS | 5:1 (2:0) | ||
| R (match retour) | Panionios GSS | - | Toulouse FC | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Toulouse FC | ||||
| H (Match allé) | Panathinaikos | - | AJ Auxerre | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | AJ Auxerre | - | Panathinaikos | 3:2 (2:2) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Panathinaikos | ||||
| H (Match allé) | Budapest Honved SE | - | Sporting Lokeren | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Sporting Lokeren | - | Budapest Honved SE | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Budapest Honved SE | ||||
| H (Match allé) | Tatabanya Banyasz SC | - | Vitória Guimarães | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Vitória Guimarães | - | Tatabanya Banyasz SC | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Vitória Guimarães | ||||
| H (Match allé) | Coleraine FC | - | Dundee United | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Dundee United | - | Coleraine FC | 3:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Dundee United | ||||
| H (Match allé) | Valletta FC | - | Juventus | 0:4 (0:3) | ||
| R (match retour) | Juventus | - | Valletta FC | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Juventus | ||||
| H (Match allé) | Mjøndalen IF | - | Werder Bremen | 0:5 (0:1) | ||
| R (match retour) | Werder Bremen | - | Mjøndalen IF | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Werder Bremen | ||||
| H (Match allé) | Feyenoord | - | Spora Luxemburg | 5:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | Spora Luxemburg | - | Feyenoord | 2:5 (2:1) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Feyenoord | ||||
| H (Match allé) | Pogoń Szczecin | - | Hellas Verona | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Hellas Verona | - | Pogoń Szczecin | 3:1 (3:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Hellas Verona | ||||
| H (Match allé) | Bor. Mönchengladbach | - | Espanyol Barcelona | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Espanyol Barcelona | - | Bor. Mönchengladbach | 4:1 (2:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Espanyol Barcelona | ||||
| H (Match allé) | Sportul Studenţesc | - | GKS Katowice | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | GKS Katowice | - | Sportul Studenţesc | 1:2 (1:2) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Sportul Studenţesc | ||||
| H (Match allé) | FC Universitatea Craiova | - | GD Chaves | 3:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | GD Chaves | - | FC Universitatea Craiova | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: GD Chaves | ||||
| H (Match allé) | Grasshopper Club Zürich | - | Dinamo Moskva | 0:4 (0:2) | ||
| R (match retour) | Dinamo Moskva | - | Grasshopper Club Zürich | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Dinamo Moskva | ||||
| H (Match allé) | TJ Vítkovice | - | AIK Solna | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | AIK Solna | - | TJ Vítkovice | 0:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: TJ Vítkovice | ||||
| H (Match allé) | Beşiktaş | - | Inter | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Inter | - | Beşiktaş | 3:1 (2:1) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Inter | ||||
| H (Match allé) | Zenit Leningrad | - | Club Brugge KV | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Club Brugge KV | - | Zenit Leningrad | 5:0 (3:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Club Brugge KV | ||||
| H (Match allé) | Spartak Moskva | - | Dynamo Dresden | 3:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Dynamo Dresden | - | Spartak Moskva | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Spartak Moskva | ||||
| H (Match allé) | Crvena Zvezda | - | Trakia Plovdiv | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Trakia Plovdiv | - | Crvena Zvezda | 2:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Crvena Zvezda | ||||
| H (Match allé) | Velež Mostar | - | FC Sion | 5:0 (3:0) | ||
| R (match retour) | FC Sion | - | Velež Mostar | 3:0 (3:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: Velež Mostar | ||||
| H (Match allé) | BSG Wismut Aue | - | Valur Reykjavík | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Valur Reykjavík | - | BSG Wismut Aue | 1:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 16.09.1987 | R (match retour): 30.09.1987 | vainqueur: BSG Wismut Aue | ||||
