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| H (Match allé) | Herfølge BK | - | MŠK Žilina | 0:2 (0:0) | ||
| R (match retour) | MŠK Žilina | - | Herfølge BK | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 15:00 | R (match retour): 26.06.1999 17:30 | vainqueur: MŠK Žilina | ||||
| H (Match allé) | Vålerenga IF | - | FK Ventspils | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Ventspils | - | Vålerenga IF | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 16:00 | R (match retour): 26.06.1999 17:00 | vainqueur: FK Ventspils | ||||
| H (Match allé) | Polonia Warszawa | - | Tiligul Tiraspol | 4:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Tiligul Tiraspol | - | Polonia Warszawa | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 17:00 | R (match retour): 26.06.1999 17:00 | vainqueur: Polonia Warszawa | ||||
| H (Match allé) | Spartak Varna | - | Sint-Truidense VV | 1:2 (1:0) | ||
| R (match retour) | Sint-Truidense VV | - | Spartak Varna | 6:0 (4:0) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 17:00 | R (match retour): 26.06.1999 20:00 | vainqueur: Sint-Truidense VV | ||||
| H (Match allé) | FCM Bacău | - | FC Ararat | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | FC Ararat | - | FCM Bacău | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 17:00 | R (match retour): 26.06.1999 15:00 | vainqueur: FC Ararat | ||||
| H (Match allé) | Lokomotiv-96 Vitebsk | - | NK Varteks | 1:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | NK Varteks | - | Lokomotiv-96 Vitebsk | 2:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 17:00 | R (match retour): 26.06.1999 20:00 | vainqueur: NK Varteks | ||||
| H (Match allé) | ÍA Akranes | - | KF Teuta Durrës | 5:1 (3:1) | ||
| R (match retour) | KF Teuta Durrës | - | ÍA Akranes | 2:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 18:00 | R (match retour): 26.06.1999 18:00 | vainqueur: ÍA Akranes | ||||
| H (Match allé) | Union Luxembourg | - | Budapesti Vasas | 1:3 (0:2) | ||
| R (match retour) | Budapesti Vasas | - | Union Luxembourg | 4:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 18:00 | R (match retour): 26.06.1999 19:00 | vainqueur: Budapesti Vasas | ||||
| H (Match allé) | Hrvatski Dragovoljac | - | Newry Town FC | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Newry Town FC | - | Hrvatski Dragovoljac | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 18:00 | R (match retour): 26.06.1999 16:00 | vainqueur: Newry Town FC | ||||
| H (Match allé) | Cementarnica Skopje | - | Kolkheti-1913 Poti | 4:2 (3:2) | ||
| R (match retour) | Kolkheti-1913 Poti | - | Cementarnica Skopje | 0:4 (0:3) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 18:00 | R (match retour): 26.06.1999 16:00 | vainqueur: Cementarnica Skopje | ||||
| H (Match allé) | NK Jedinstvo | - | GÍ Gøta | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | GÍ Gøta | - | NK Jedinstvo | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 18:00 | R (match retour): 26.06.1999 20:00 | vainqueur: NK Jedinstvo | ||||
| H (Match allé) | Maccabi Haifa | - | Qarabağ FK | 1:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Qarabağ FK | - | Maccabi Haifa | 0:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 18:00 | R (match retour): 26.06.1999 16:00 | vainqueur: Qarabağ FK | ||||
| H (Match allé) | Rudar Velenje | - | Halmstads BK | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Halmstads BK | - | Rudar Velenje | 2:2 (2:1) | ||
| H (Match allé): 19.06.1999 20:00 | R (match retour): 27.06.1999 17:00 | vainqueur: Rudar Velenje | ||||
| H (Match allé) | Jokerit Helsinki | - | JK Narva Trans | 3:0 (3:0) | ||
| R (match retour) | JK Narva Trans | - | Jokerit Helsinki | 1:4 (0:3) | ||
| H (Match allé): 20.06.1999 14:30 | R (match retour): 26.06.1999 15:00 | vainqueur: Jokerit Helsinki | ||||
| H (Match allé) | Shelbourne FC | - | Neuchâtel Xamax FC | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Neuchâtel Xamax FC | - | Shelbourne FC | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 20.06.1999 16:00 | R (match retour): 27.06.1999 18:00 | vainqueur: Neuchâtel Xamax FC | ||||
| H (Match allé) | Aberystwyth Town | - | Floriana FC | 2:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | Floriana FC | - | Aberystwyth Town | 2:1 (2:1) | ||
| H (Match allé): 20.06.1999 16:30 | R (match retour): 26.06.1999 17:00 | vainqueur: Floriana FC | ||||
| H (Match allé) | NK Korotan | - | FC Basel | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FC Basel | - | NK Korotan | 6:0 (4:0) | ||
| H (Match allé): 20.06.1999 17:00 | R (match retour): 26.06.1999 17:30 | vainqueur: FC Basel | ||||
| H (Match allé) | SK Hradec Králové | - | FK Gomel | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Gomel | - | SK Hradec Králové | 3:1 (1:0, 1:0, 1:0) tab | ||
| H (Match allé): 20.06.1999 17:00 | R (match retour): 27.06.1999 17:00 | vainqueur: FK Gomel | ||||
| H (Match allé) | Ceahlăul Piatra Neamt | - | FK Ekranas | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Ekranas | - | Ceahlăul Piatra Neamt | 0:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 20.06.1999 17:00 | R (match retour): 27.06.1999 17:30 | vainqueur: Ceahlăul Piatra Neamt | ||||
| H (Match allé) | FK Pobeda | - | Ozeta Dukla Trencin | 3:1 (2:1) | ||
| R (match retour) | Ozeta Dukla Trencin | - | FK Pobeda | 3:4 (2:0, 3:1, 3:1) tab | ||
| H (Match allé): 20.06.1999 17:30 | R (match retour): 26.06.1999 17:30 | vainqueur: FK Pobeda | ||||
